Una misiva fechada el 30 de octubre de 1628, conservada en el registro de la Curia Lunense, sugiere la construcción de un oratorio por Gian Francesco Bergamini por encargo de Carlo I Cybo-Malaspina para albergar la aparición de la Virgen de la Misericordia en señal de agradecimiento por haber puesto fin a una larga sequía que había azotado la región durante 1627.
Las obras de la iglesia de la Misericordia, fuera de las murallas de la ciudad, comenzaron a finales de 1628, mientras que en 1630, en honor al carácter sagrado de la Virgen, se trasladó oficialmente a la iglesia un fresco de la figura, fechado en 1627. Pocos años después, el cardenal Gian Domenico Spinola, obispo de Sarzana, consagró la iglesia, y a partir de 1640 la estructura sufrió nuevos cambios: se erigió el primer campanario, se colocaron en su interior varias reliquias de santos y se encargó al artista Mattelli el cuadro de San Juan Bautista. Sin embargo, no fue hasta 1744 cuando la iglesia adquirió el aspecto que conserva en la actualidad. En su interior se conservan esculturas de mármol, como un lavabo del siglo XVII y una pila de mármol donada por la ciudad de Carrara.
Además, la iglesia alberga pinturas de maestros de la época, como La Natividad de Cardi Cigoli y La Virgen de las Nieves de Domenico Fiasella, también conocida como la Sarzana. En el exterior, en cambio, los dos campanarios presentan una estructura dividida en dos niveles distintos: el inferior tiene ventanas de una sola lanceta, mientras que el superior tiene forma octogonal.
Durante el siglo XIX, la Confraternita della Misericordia (Cofradía de la Misericordia) vinculada al santuario desempeñó un papel fundamental durante la epidemia de cólera: de hecho, era la única institución de Massa que se encargaba del transporte y el entierro de los difuntos pertenecientes tanto a las familias más ricas como a las más pobres. Su actividad se interrumpió en 1944 a causa de la guerra que también afectó a Massa.
Afiliada a otras Misericordias en Italia y en el mundo, hoy la Cofradía vuelve a funcionar, representando una agregación de inspiración cristiana con un importante impacto en la zona de Massa. El trabajo voluntario realizado por los miembros de la Cofradía es esencial para fomentar el bien espiritual y material en la comunidad. Mediante la asistencia a los necesitados, el apoyo a los ancianos y a las personas con dificultades y la promoción de iniciativas culturales y religiosas, la Cofradía de la Misericordia contribuye a mejorar la calidad de vida de los ciudadanos de Massa a través de los principios cristianos del amor y la compasión.